St. Johannes erschließt sich nicht allein über einzelne Kunstwerke. Schon der Kirchenraum selbst erzählt von seiner langen Geschichte. Der spätgotische Bau bildet den Rahmen für eine Ausstattung, die über Jahrhunderte hinweg verändert, ergänzt und neu gedeutet wurde. Gerade darin liegt eine Besonderheit der Kirche: Älteres wurde nicht vollständig durch Neues ersetzt. Unterschiedliche Zeiten sind im Raum gleichzeitig gegenwärtig.

Der Blick wird vom Langhaus in den Chor geführt. Dort begegnen sich die gotische Architektur, das historische Sakramentshaus, die farbigen Fenster Johannes Schreiters und die jüngere künstlerische Gestaltung. Die Veränderungen des 20. Jahrhunderts stehen dabei nicht beziehungslos neben dem historischen Bestand. Sie setzen sich bewusst mit dem überkommenen Kirchenraum auseinander.
 

Im Chor verdichten sich verschiedene Epochen der Ausstattung von St. Johannes. Zu den älteren Zeugnissen gehört das spätgotische Sakramentshaus. Seine Funktion verweist unmittelbar auf die Eucharistie und damit auf die liturgische Bestimmung dieses Raumes.

Einen modernen Akzent setzen die zwischen 1959 und 1964 geschaffenen Chorfenster von Johannes Schreiter. Ihre Farbigkeit ist nicht lediglich dekorativ. Blau, Weiß, olivfarbene beziehungsweise erdige Töne und Gold erhalten eine symbolische Bedeutung und verbinden Himmel, Licht, irdische Wirklichkeit und Göttliches miteinander.

Im Zuge der Renovierung von 1994 wurden Altar und Ambo neu gestaltet. Seit 1996 prägt außerdem eine moderne Darstellung Johannes des Täufers von Jacques Gassmann den Chorabschluss. Damit erhält der Patron der Kirche einen sichtbaren Ort im liturgischen Zentrum von St. Johannes.
 

Wer sich durch St. Johannes bewegt, begegnet christlichen Glaubensbildern aus unterschiedlichen Jahrhunderten. Im Chorbogen hängt ein Triumphkreuz aus dem 17. Jahrhundert. Im Chor und im Langhaus finden sich weitere Darstellungen Christi, Mariens, der Heiligen und der Evangelisten. Dazu gehören mittelalterliche Reliefs, eine Anna selbdritt, eine Pietà und der Christophorus.

Diese Werke waren ursprünglich nicht als museale Einzelstücke geschaffen. Ihre Motive erzählen von zentralen Inhalten des christlichen Glaubens. Passion und Kreuz, Maria und die Heiligen, Taufe und Eucharistie erhielten im Kirchenraum sichtbare Gestalt. Die Ausstattung gehört deshalb nicht nur zur Kunstgeschichte der Kirche, sondern ebenso zu ihrer religiösen Funktion.
 

Die Stadtpfarrkirche trägt den Namen des heiligen Johannes des Täufers. Nach den Evangelien ruft Johannes die Menschen zur Umkehr und bereitet sie auf das Kommen Jesu vor. Im Jordan tauft er Jesus. Wasser, Taufe und die Hinwendung zu Christus gehören deshalb zu den Motiven, die mit ihm besonders verbunden sind.

In St. Johannes wird dieses Patrozinium an verschiedenen Stellen sichtbar. Besonders deutlich tritt der Kirchenpatron heute im Chorraum hervor. Die Darstellung von Jacques Gassmann stellt Johannes an einen Ort, auf den sich der Blick aus dem Kirchenschiff richtet.
 

Die Taufkapelle führt das Thema des Kirchenpatrons weiter. Ihr Taufstein stammt aus dem Jahr 1762. An den Wänden befinden sich Reliefs aus dem 19. Jahrhundert mit Szenen aus dem Leben Johannes des Täufers. So verbinden sich an diesem Ort die Erinnerung an den Patron der Kirche und die Feier der christlichen Taufe.

Nicht erst beim Betreten der Kirche beginnt ihre Bilderwelt. Auch die Portale und die Außenwände gehören zum kunsthistorischen Bestand von St. Johannes.

Besonders bemerkenswert ist das Nordportal mit der Darstellung des Jüngsten Gerichts. Das Westportal zeigt die Krönung Mariens. An der südlichen Außenwand befindet sich eine spätgotische Ölberggruppe, die der Riemenschneiderschule zugeschrieben wird. Die offizielle Tourismusseite der Stadt Kitzingen datiert sie um 1500.

Die Bildprogramme an den Außenseiten der Kirche machen deutlich, dass die Architektur selbst Träger religiöser Aussagen ist. Wer St. Johannes umrundet, begegnet daher bereits außerhalb des Kirchenraums wesentlichen Motiven christlicher Hoffnung, Gerichtsvorstellung und Marienverehrung.